Poste CIRAD – Chercheur.e en épidémiologie génomique des bactéries non cultivables – PVBMT, La Réunion

Vous partagez les valeurs de l’interculturalité, le partage des savoirs, ou encore la préservation de l’environnement ? Rejoignez-nous !

Vous intégrerez une équipe de recherche de l’UMR PVBMT (Peuplements Végétaux et Bioagresseurs en Milieu Tropical) basée à La Réunion dont l’objectif général est de mieux comprendre la biologie des microorganismes phytopathogènes ainsi que les facteurs pouvant conduire à leur développement épidémique. Les objectifs spécifiques de ce collectif sont (i) d’inférer les histoires et stratégies évolutives de bactéries et virus phytopathogènes, (ii) de mieux comprendre l’épidémiologie des maladies associées, et (iii) de décrypter les facteurs et bases moléculaires de l’adaptation bactérienne et virale.

L’épidémiologie, l’écologie et l’évolution des bactéries phytopathogènes transmises par insectes vecteurs, malgré leur très fort impact agronomique, demeurent assez largement méconnues du fait de leur caractère non cultivable. Vous focaliserez vos recherches sur deux modèles biologiques d’importance mondiale travaillés dans l’UMR: i) Candidatus Liberibacter, agent du Huanglongbing (HLB) des agrumes, réémergent à La Réunion, en Afrique de l’Est et dans les îles du sud-ouest de l’océan Indien et émergent aux Antilles françaises, ii)Candidatus Phytoplasma, agent du jaunissement mortel du cocotier (JMC), qui constitue un problème majeur dans la Caraïbe, en Afrique de l’Ouest et de l’Est et dont la présence a été constatée récemment à Madagascar et en Guadeloupe. Vous apporterez, par analyse bio-informatique de données de génomique à haut débit, de nouvelles connaissances sur l’évolution (histoires évolutives, importance relative de la mutation et de la recombinaison, caractérisation du génome accessoire, véhicules du transfert horizontal de gènes), et l’épidémiologie (reconstruction de chaines de transmission) de ces bactéries. Par ailleurs, vous évaluerez l’importance des phénomènes de co-infections (pathobiome), de synergie et d’adaptation aux plantes hôtes et insectes vecteurs.

La rémunération est définie en fonction de votre expérience dans le métier et au niveau du diplôme. Vous bénéficiez d’un 13e mois, de possibilité de 8 jours/mois de télétravail après 6 mois d’ancienneté et d’horaires personnalisables.

Vous maîtrisez les concepts de biologie évolutive, génomique et bio-informatique, et êtes intéressé.e par l’application de ces disciplines dans un contexte de recherche finalisée pour le développement.

Le profil recherché est celui d’un.e génomicien.ne titulaire d’un doctorat et de préférence ayant effectué en France ou à l’étranger un ou plusieurs contrats postdoctoraux sur des modèles procaryotes.

Les compétences requises sont les suivantes :
– Maîtrise des approches de génomique évolutive
– Maîtrise des outils bio-informatiques dédiés aux analyses de génomes,
– Maîtrise des concepts de biologie évolutive des interactions plantes-insectes-bactéries,
– Maîtrise des outils de biostatistiques et d’analyse de données NGS,
– Maîtrise du français et de l’anglais (parlé et écrit),
– Aptitude à la rédaction scientifique (publications internationales),
– Aptitude à répondre aux sollicitations des bailleurs et à la gestion de projets,
– Goût pour le travail en équipe et la communication,
– Volonté affirmée de travailler en milieu subtropical insulaire en collaboration avec des partenaires du Sud.

Le positionnement de ce poste est stratégique au sein de l’unité et devra contribuer à la structuration d’une partie des activités partagées par les différentes équipes de l’UMR PVBMT, avec des unités Cirad impliquées sur les modèles d’étude (PHIM, AGAP) et avec des partenaires internationaux. De très bonnes capacités relationnelles sont donc nécessaires pour interagir quotidiennement au sein d’un collectif multidisciplinaire et pour monter des projets en collaboration avec des partenaires de recherche et de développement.